Nach den Gelben Säcken folgt nun die Biotonne. Immer häufiger landen Plastiktüten und andere Stoffe im Biomüll. Dadurch wird laut der EBU die Qualität des aus dem Biomüll gewonnener Kompost immer schlechter. Da für den Kompost Qualitätskriterien gelten, müssen Kompostwerke die Fremdstoffe mühsam von Hand aussortieren. Die dadurch entstandene Mehrkosten geben die Kompostwerke an die Entsorgungsbetriebe und an die Gebührenzahler weiter.

Biomüllbeutel und Stärketüten düfen ebenfalls nicht in der Biotonne entsorgt werden, da diese nicht vollständig verrotten. Die EBU hat nun angekündigt, zukünftig falsch befüllte Biotonnen nicht mehr zu leeren.