Im frühen Mittelalter wurde Eckwälden erstmals in der Urkunde "Rotulus Sanpetrinus" von 1112 erwähnt: Bertholdus von Hokenberc schenkte Eckwälden, das damals aus wenigen Lehenshöfen bestand, dem Kloster Sankt Peter im Schwarzwald. Von da an kann man anhand schriftlicher Zeugnisse die Geschicke Eckwäldens annähernd nachvollziehen, wie der Bad Boller Ortsarchivar Eckhard Christof erzählt. Er vermutet, dass Eckwälden weit älter sein dürfte und vermutlich bereits um 750 besiedelt war.

Das Dorf wechselte mehrmals den Besitzer und konnte später von den Grafen von Degenfeld zurück- gekauft werden. Seit 1848 gibt es in Württemberg kein Lehenswesen mehr, die Eckwäldener konnten weitgehend über sich selbst bestimmen. Sie gehörten damals dem "Schwurstab" von Zell an, somit zum Oberamt Kirchheim.

In dem kleinen Dörfchen wurde 1851 ein Schulhaus errichtet, in dem rund 70 Jahre später nur noch sechs Schüler unterrichtet wurden. Die Schule wurde geschlossen und die Kinder gingen ins nahe Boll zum Unterricht. Weil auch zahlreiche Verwandte in Boll wohnten, fühlten sich die Eckwäldener enger mit Boll verbunden als mit Zell, und als 1930 eine neue Gemeindeordnung die Auflösung von Teilgemeinden bestimmte, wollten die Eckwäldener zu Boll gehören.

Zell lehnte den Antrag ab, aber nach zähen Verhandlungen und hitzigen Debatten wurde das Kirchheimer Bezirksgericht eingeschaltet, und die Gemeinden einigten sich 1933 auf 12 000 Reichsmark Abfindung für Zell und einen Grenzausgleich von 23 Parzellen. Eckwälden wechselte triumphierend vom Oberamt Kirchheim zum Oberamt Göppingen und sprach im Boller Gemeinderat mit.

1852 kaufte Pfarrer Johann Christoph Blumhardt das königlich wilhelminische Schwefelbad, um dort ein Seelsorge- und Heilungszentrum aufzubauen. Der Pfarrer galt als "Wunderheiler", aus ganz Europa kamen die Menschen zu ihm. Auf seiner Pfarrstelle in Möttingen hatte sich Blumhardt durch die Heilung der 26-jährigen Gottliebin Dittus einen Namen gemacht. Die Frau litt unter Geistererscheinungen und sei vom Satan besessen, hieß es. Der Pfarrer kurierte sie durch Handauflegen und frommes Gebet. Sie folgte Blumhardt nach Eckwälden und half ihm bei der Behandlung von Gemütskranken.

Als Johann Christoph Blumhardt starb, setzte sein Sohn Christoph die Arbeit fort und baute 1887 in Eckwälden das Haus in der heutigen Dorfstraße 42, das nerven- und gemütsleidenden Menschen zur Heimstatt wurde.

1902 verkaufte Christoph Blumhardt das Haus an die vier Schwestern Härlin, die bis 1930 ihr Pensionat "für höhere Töchter" in Eckwälden führten. Im "Döchterlesstift", wie die Privatschule bei den Einheimischen hieß, lernten sie nicht nur gutes Benehmen und Handarbeiten, sie wurden unter anderem auch in Englisch und Buchhaltung unterrichtet, was für die damalige Zeit sehr fortschrittlich war. Von einer jungen Chinesin wird eine tragische Geschichte erzählt: Ding Tschun Hiang wollte in der von Richard Wilhelm gegründeten Schule in Qingdao als Lehrerin arbeiten. Der Berliner Missionsverein verlangte von ihr ein deutsches Examen und so reiste die Chinesin nach Deutschland und ließ sich im Härlinschen Institut unterrichten. Die intelligente Exotin litt sehr unter Heimweh. Mit Beginn des Ersten Weltkriegs verlor Deutschland seine Kolonie in China und damit war dem Mädchen die Rückkehr in ihre Heimat verwehrt. Sie verfiel der Schwermut, nahm sich mit 18 Jahren das Leben und wurde am äußersten Mauerrand des Herrnhuter Friedhofs 1916 begraben.

Während des Zweiten Weltkriegs bezog Dr. Franz Michael Geraths 1937 das Haus Dorfstraße 42, gründete das anthroposophische Erziehungsinstitut für seelenpflegebedürftige Kinder und brachte so seine Schützlinge vor dem Euthanasie-Mord der Nazis in Sicherheit.

1950 zog der Anthroposoph Dr. Rudolf Hauschka mit seinem Laboratorium Wala von Ludwigsburg nach Eckwälden und fand zunächst im Institut Dr. Geraths Unterschlupf. Schon bald errichtete Wala eigene Gebäude und entwickelte sich zum größten Arbeitgeber im Ort.

1974 wurde die "Dorfgemeinschaft Eckwälden" gegründet und das erste Dorffest fand im Helenental statt. 1992 wurde die ehemalige Schule renoviert und wird seitdem als "Dorfhaus" genutzt.